Qual a melhor forma de atender on-line?

A melhor forma de efetuar um atendimento on-line é através da plataforma. Nela você tem a certeza de que as mensagens são criptografadas.

Entretanto, você deve pensar no seu paciente. Na habilidade dele  (e sua) como o uso do computador. Você, profissional, deve ser um facilitador e ainda responsável pela guarda e segurança das informações.

Posso usar o skype?

Não é recomendado pois, como ferramenta gratuita, você não sabe o que se passa nos servidores da Microsoft e se os dados são abertos. Além disso, ele é uma ferramenta que permite a gravação de mensagens. 

Posso usar o Facebook Messenger?

Mesmo motivo. Lembre-se que você é responsável pelo sigilo daquilo que o pacinte fala com você. O facebook guarda as mensagens e usa Inteligência Artificial anonimizada para enviar publicidade sobre o assunto que você tratar.

Isso pode ser, inclusive gatilhos para alguns tipos de problemas. Pense com cuidado.